ปัญหาอุปสรรคและแนวทางแก้ไข
                1.   โรงเรือนสำหรับใช้อนุบาลต้นอ่อนมีไม่เพียงพอสำหรับกล้ากล้วยไม้ไทยแต่ละชนิดที่โครงการฯ เพาะขยายพันธุ์ได้  ทำให้เกิดการสูญเสียต้นอ่อนกล้วยไม้ไทยในบางส่วน  เนื่องจากโรงเรือนสภาพทรุดโทรมเกิด
การชำรุด  ไม่มีงบประมาณในการซ่อมแซม  ทำให้ไม่มีที่จะใช้แขวนกล้วยไม้ที่อนุบาลได้
                2.    ครุภัณฑ์ที่ใช้ในการดำเนินงานมีอายุการใช้งานมานานมากกว่า 10 ปี (ตั้งแต่ พ.ศ.2537  เป็นต้นมาจนถึงปัจจุบัน)  ส่งผลให้ต้องใช้งบประมาณจำนวนมากในการซ่อมแซมและบำรุงรักษาแต่ละครั้ง ซึ่งไม่สามารถขยายการดำเนินงานได้
                3.   โครงการฯ  ประสบปัญหาทางด้านงบประมาณ  จึงทำให้การขยายงานด้านต่าง ๆ ของโครงการฯ 
ไม่เป็นไปตามเป้าหมายที่กำหนดไว้  โดยเฉพาะการจัดการฝึกอบรมความรู้เรื่องกล้วยไม้ไทย  และการฝึกอบรมภาคปฏิบัติ (การนำกล้วยไม้ไทยคืนสู่ป่าธรรมชาติ)  ควรได้รับงบประมาณสำหรับการจัดฝึกอบรมบ้าง
                4.   โครงการฯ ขาดยานพาหนะและเชื้อเพลิง  ในการดำเนินงานและติดต่อประสานงานกับหน่วยงานต่าง ๆ เช่น   การสำรวจสภาพนิเวศวิทยาฯ  การนำกล้วยไม้คืนสู่ป่าจึงทำให้การดำเนินงานไม่บรรลุวัตถุประสงค์และแผนงานประจำปีที่วางไว้
                5.    โครงการฯ ได้รับพระราชเสาวนีย์จากสมเด็จพระนางเจ้าฯ พระบรมราชินีนาถ  เพิ่มเติม  ให้ขยายพันธุ์กล้วยไม้เพิ่มขึ้น  โดยเฉพาะเอื้องแซะหลวง  เพื่อผลิตเป็นอุตสาหกรรมน้ำหอม  ซึ่งยังขาดทรัพยากรและงบประมาณในการดำเนินการขยายการผลิต ส่งผลให้โครงการฯ ไม่สามารถขยายงานในส่วนนี้และสนองตามแนวพระราชดำริได้
                6.   บุคลากรของโครงการฯ  25 อัตรา  ประกอบด้วย  1.  พนักงานราชการ จำนวน  10  อัตรา  โดยได้รับการบรรจุในปีงบประมาณ 2548  จำนวน  5  อัตรา  และ  ได้รับบรรจุในปีงบประมาณ 2549  อีก  5  อัตรา   
2.  ลูกจ้างชั้วคราวอัตราจ้างเหมา  จำนวน  15  อัตรา  ซึ่งปฏิบัติงานต่อเนื่องมามากกว่า  5  ปี  บางคนปฏิบัติงาน
มาคู่กับโครงการฯ        ถึง 10 ปี  ยังขาดสวัสดิการและความมั่นคงในอาชีพ          
                7.    โครงการฯ เป็นการดำเนินงานในเชิงอนุรักษ์  จึงจำเป็นจะต้องดำเนินการอย่างต่อเนื่องต่อไป 
ในปัจจุบัน  ยังไม่มีกิจกรรมของโครงการใดที่มีแนวปฏิบัติงาน ในลักษณะนี้มาก่อน  จึงทำให้ขาดข้อมูลและ
แนวทางการปฏิบัติที่จะศึกษาได้  การดำเนินงานในบางกรณีจึงเป็นลักษณะการศึกษาข้อมูลเพิ่มเติมไปด้วย  การ
ปฏิบัติงานของโครงการฯ  ต้องใช้บุคลากรที่มีความรู้ความสามารถในเชิงวิชาการจำนวนมาก เช่น  การเพาะเมล็ดใน
อาหารปลอดเชื้อ  การเพาะเลี้ยงเนื้อเยื่อ  การดูแลอนุบาลต้นอ่อน  และการสำรวจนิเวศวิทยา  เป็นต้น